Una rica biodiversidad y alta productividad, favorecidas por la corriente de Humboldt, hacen de los ambientes marinos y costeros de Chile una prioridad para la conservación a nivel global.
Si bien su trabajo en conservación marina se extiende a lo largo de todo el mar de Chile, WWF Chile ha priorizado gran parte de sus esfuerzos en la Ecorregión Chiloense, ubicada en el sur de Chile, por su gran importancia ecológica, procesos ecológicos, diversidad única y productividad, siendo la tercera zona más importante a nivel mundial para la alimentación y crianza de grandes cetáceos, en particular para ballenas azules y jorobadas.